دلایل مختلفی برای ناهمواری ضخامت چاپ جوهر سیلیکونی وجود دارد. برای جوهر، به دلیل ترکیب ضعیف جوهر است، یا جوهر مخلوط معمولی با پوست جوهر مخلوط می شود. هنگام چاپ، به دلیل عمل حلال، متورم و نرم می شود، سوراخ های مش را که باید به جوهر نفوذ کنند مسدود می کند، به عنوان یک فیلم صفحه ای عمل می کند و از عبور جوهر جلوگیری می کند.
برای جلوگیری از این نوع خرابی، جوهر سیلیکونی مخلوط (مخصوصا جوهر قدیمی) باید قبل از استفاده یک بار با توری فیلتر شود. هنگام استفاده مجدد از صفحه چاپ استفاده شده، جوهر قدیمی متصل به قاب صفحه باید به طور کامل حذف شود. هنگام نگهداری صفحه چاپ پس از چاپ، باید به طور کامل شسته شود (از جمله اسکراپر). در صورت رعایت الزامات فوق، جوهر سیلیکونی ناهموار ایجاد نخواهد شد.
اگر نوک قسمت جلویی صفحه تیز آسیب دیده باشد، در جهت حرکت اسکراپر آثاری وجود خواهد داشت. به خصوص هنگام چاپ اشیاء شفاف، جوهر ناهموار آشکاری وجود خواهد داشت. بنابراین قسمت جلویی صفحه تیز باید به خوبی محافظت شود تا از آسیب دیدن آن جلوگیری شود. در صورت آسیب دیدن باید با احتیاط آسیاب شود.
ناهمواری میز چاپ نیز بر یکنواختی جوهر سیلیکونی تأثیر خواهد گذاشت. لایه جوهر در قسمت محدب نازک و در قسمت مقعر ضخیم است. به این پدیده کاربرد جوهر ناهموار نیز می گویند. ضمناً در صورت وجود گرد و غبار در پشت بستر یا روی میز چاپ، عیب فوق نیز رخ می دهد.
