مواد ضد باکتری سیلیکونی عمدتاً به روشهای زیر به اثرات ضد باکتریایی میرسند:
انتشار مواد فعال آنتی باکتریال: عوامل ضد باکتری سیلیکونی اغلب حاوی مواد فعال ضد باکتریایی مانند یون های نقره، یون مس و یون روی هستند که می توانند دیواره سلولی یا غشای سلولی میکروارگانیسم هایی مانند باکتری ها و قارچ ها را تخریب کرده و از رشد و تولید مثل آنها جلوگیری کنند.
کاتالیزور فوتوکاتالیستی: برخی از مواد ضد باکتری سیلیکونی از فناوری فوتوکاتالیستی مانند نانو دی اکسید تیتانیوم (TiO2) استفاده می کنند که می تواند رادیکال های آزاد بسیار اکسید کننده را در زیر نور ماوراء بنفش تولید کند و در نتیجه رشد میکروارگانیسم ها را از بین ببرد یا از آن جلوگیری کند.
مانع فیزیکی: خود ماده سیلیکونی دارای چگالی و آبگریزی خاصی است که می تواند تا حد مشخصی از چسبیدن و رشد میکروارگانیسم ها بر روی سطح ماده جلوگیری کند.